Thành phố Ninh Bình cũng được gọi với mỹ danh là thành phố ngã ba. Thành phố ngã ba sông với các ngã ba tạo ra từ 3 sông Hoàng Long, sông Vân, sông Sắt đổ vào sông Đáy. Thành phố ngã ba giao thông với hệ thống 3 Quốc lộ 1A, quốc lộ 10, quốc lộ 38B và 3 tuyến cao tốc có điểm nút tại đây. Thành phố ngã ba khu vực bởi Ninh Bình nằm giáp với 3 khu vực kinh tế: vùng duyên hải Bắc Bộ - vùng Hà Nội – duyên hải miền Trung và 3 khu vực địa lý – văn hóa: Tây Bắc – Châu thổ sông Hồng – Bắc Trung Bộ.

Thành phố Ninh Bình được hình thành ở cửa nước ngã ba sông, nơi hợp lưu của sông Vân vào sông Đáy. Từ xa xưa, khu vực quần thể di sản thế giới Tràng An ở phía tây thành phố đã là nơi cư trú của người tiền sử thuộc nền văn hóa Tràng An thời kỳ đồ đá.

Thế kỷ X, người Tràng An đã đưa vùng đất này thăng hoa trở thành kinh đô Hoa Lư của nước Việt.

Thế kỷ 15, đời Hồng Đức, nhà Hậu Lê, nơi đây lại trở thành thủ phủ của trấn Sơn Nam với việc trấn lỵ được đóng tại Vân Sàng, tức vùng đất gần chợ Rồng bây giờ. Xứ Sơn Nam rộng lớn khi ấy gồm 11 phủ, 42 huyện[7], thuộc các tỉnh Hà Nam, Nam Định, Thái Bình, Hưng Yên và Ninh Bình ngày nay.

Từ xa xưa, ngã ba sông Vân hợp vào sông Đáy đã hình thành những chợ Cá và bến Nứa. Cùng với ưu thế giao thông thuận lợi do vị trí án ngữ giao điểm của những trục đường chính, các chợ Cá này đã phát triển thành một trung tâm kinh tế, chính trị và văn hoá lớn ở phía nam vùng châu thổ sông Hồng.[8]. Nét văn hoá thành phố chịu ảnh hưởng từ nền văn minh châu thổ sông Hồng. Vị trí địa lý của vùng đất giáp với 3 vùng miền cũng ảnh hưởng đến đặc trưng văn hóa của thành phố, đó là nền văn hóa hợp lưu, hội tụ từ các vùng.

Năm 1873, Pháp chiếm Ninh Bình, nơi đây được xây dựng trở thành một đô thị ở vùng cửa ngõ miền Bắc với nhiều công trình kiến trúc như thành Ninh Bình, cầu Lim, phố Nhà thờ, chợ Rồng. Sau này, người dân ủng hộ chiến dịch "vườn không nhà trống" nên đã phá bỏ nhiều công trình đô thị đó. Chính vì thế mà thành phố Ninh Bình hiện là thành phố trẻ, có cảnh quan mang dáng dấp một đô thị mới.

Năm 1945, Ninh Bình là một thị trấn với diện tích 2,5 km² dân số 5.000 người.

Năm 1977, là thị trấn thuộc huyện Hoa Lư.[9]

Năm 1981, tái lập thị xã Ninh Bình từ huyện Hoa Lư,[10] gồm 4 phường: Đinh Tiên Hoàng, Lương Văn Tụy, Quang Trung, Vân Giang.

Năm 1982, chuyển xã Ninh Thành của huyện Hoa Lư vào thị xã Ninh Bình.[11]

Ngày 12 tháng 8 năm 1991, tái lập tỉnh Ninh Bình từ tỉnh Hà Nam Ninh, thị xã Ninh Bình trở lại là tỉnh lỵ tỉnh Ninh Bình.[12]

Ngày 2 tháng 11 năm 1996, thị xã tiếp tục được mở rộng với dân số là 62.187 người, diện tích 11,6 km²:

• 29,97 ha diện tích tự nhiên và 855 nhân khẩu của xã Ninh Khánh
• 44,87 ha diện tích tự nhiên và 1.207 nhân khẩu của xã Ninh Tiến
• 29,60 ha diện tích tự nhiên và 498 nhân khẩu của xã Ninh Phong
• 102,35 ha diện tích tự nhiên và 2.290 nhân khẩu của xã Ninh Sơn
• 27,30 ha diện tích tự nhiên và 1.610 nhân khẩu của xã Ninh Phúc thuộc huyện Hoa Lư
• Thành lập 7 phường: Tân Thành, Đông Thành, Nam Thành, Phúc Thành, Nam Bình, Bích Đào, Thanh Bình trên cơ sở giải thể 3 phường Đinh Tiên Hoàng, Lương Văn Tụy, Quang Trung và xã Ninh Thành).[13]

Ngày 9 tháng 1 năm 2004, thị xã Ninh Bình có diện tích 4.674,8 ha, dân số 102.539 người (do sáp nhập 6 xã: Ninh Khánh, Ninh Nhất, Ninh Tiến, Ninh Phong, Ninh Sơn, Ninh Phúc thuộc huyện Hoa Lư)[14].

Ngày 28 tháng 4 năm 2005, chuyển 2 xã Ninh Phong, Ninh Khánh thành 2 phường có tên tương ứng[15].

Ngày 2 tháng 12 năm 2005, thị xã Ninh Bình được công nhận là đô thị loại III.[16]

Ngày 7 tháng 2 năm 2007, khi thị xã Ninh Bình trở thành thành phố Ninh Bình, thành phố Ninh Bình có 4.836,49 ha diện tích tự nhiên và 130.517 người.

Ngày 3 tháng 12 năm 2007, chuyển xã Ninh Sơn thành phường Ninh Sơn.

Ngày 20 tháng 5 năm 2014, thành phố Ninh Bình chính thức trở thành đô thị loại II.[17]

Vùng đất này gắn với nhiều huyền thoại. Sông Vân còn gọi là Vân Sàng, gắn với truyền thuyết về Lê Hoàn khi thắng Tống trở về, Dương Vân Nga đã đem một đoàn cung nữ ra đón và mở tiệc giao hoan với nhà vua ở trên dòng sông.[18] Cái tên Vân Sàng (giường mây) đã ra đời từ đó. Ngày nay, tên tuổi của hai danh nhân được đặt cho hai đường phố ven sông này. Ở cửa ngõ phía đông thành phố Ninh Bình có núi Non Nước, về đời Trần, Trương Hán Siêu thường lên chơi núi này, mới đổi thành Dục Thúy Sơn. Đây là một thắng cảnh, xưa gần cửa biển, có sông Vân, sông Đáy uốn quanh, là cảnh đẹp nên thơ, rất hữu tình. Núi Thuý còn là đề tài của các thi nhân xưa và nay gắn với lịch sử hình thành vùng đất Ninh Bình, núi Thúy -sông Vân trở thành hình ảnh biểu tượng độc đáo đặc trưng của thành phố Ninh Bình.